Как я в биотехе работал

Здраствуйте. Я, Егор. Хотел бы чтобы вы сделали домейн, биотех суть такова... Программист может писать алгоритмы, автоматизацию научных посудомоек и парсеры человекочитаемых CSV. И если пользователь пишет алгоритмы ну то графы в MIP, переговорки деревяные набигают биологи и менеджеры. Можно поехать кукухой... И биологи раз не инженеры то сделать так что там густой лес вместо айти... А зарплаты можно поставить так что вдали как в FAANG, когда подходиш они ниже рынка

Дело в том, что последние два года я работал в одном биотех-стартапе.

То, что началось, как полуслучайное приключение, закончилось однозначно лучшими двумя годами моей карьеры, работой над самыми интересными и сложными проектами (прости, Яндекс, но вообще не близко), пониманием, что "сложный домейн" и "умные люди" не помеха полному техническому бардаку и титаническим костылям, осваиванием тонны карьерно-нерелеватных технологий и даже почти попыткой ответить на вопрос "а если вы такие умные, то почему у вас ничего не автоматизированно?".

Так как биотех сейчас хайпует и флексит, думаю будет интересно об этом сформулировать текстом. Текста много, потому что у меня не было времени написать короче.

Disclaimer: никакого отношения этот пост к моей любимой бывшей компании и кому бы то ни было еще не имеет, это только персональное мое личное-внутреннее-рефлексивное мнение, которое разделяю только я и то только по вторникам и четвергам.

Как войти в биотех

Вошел я туда практически случайно, мне предложили пособеседоваться туда ребята из рекрутингового агенства (не является инвестиционной рекомендацией, хотя ребята в целом классные и толковые, пусть и британцы), с которым тогда плотно общался на тему лондонских вакансий. Вакансия была "одной из", но сразу привлекла мое неискушенное real stuff'ом внимание среди толпы безликих финтечей и хай фриквенси ООО "Лабеан"ов. Звали меня на позицию Senior Software Engineer, в описании вакансии и правда не было практически ничего про биологию (кажется, было что-то типо "было бы неплохо", но никаких твердых требований).

Перед собеседованиями я знал, что:
а) это "биотех", при этом значение слова "биотех" я не до конца понимал (привет, @Maximus)
б) они делают какие-то "инструменты для биотеха"
в) с инвестициями все более-менее хорошо
г) ну там типа докинз кароч иволюция от обизян мы короч а еще типа клетки там делятся из бЕлок собираются и шоб бицуха расла надо белки пить тип (немного не дотянул до PhD, одном словом)

В общем, не знал я практически ничего, но было очень интересно после всего этого чересчур айтишного (инфры, облаков, мониторингов, оркестраций) поработать над чем-то более реальным. Кстати, всегда рекомендую делать минимальный ресерч перед собеседованием куда угодно и готовить списочек релевантных вопросов. Не будьте как я.

На первом интро-звонке мне рассказали, что:
а) половина компании PhD+ по биологии/химии, вторая половина инженеры и коммуникация первых со вторым is a key
б) что пилят они "операционную систему и визуальный язык программирования для лабораторий и биологических экспериментов" (што)

На мои русско-картавые потуги сказать, что зиготить я не умею и инфузорию туфельку от туфли лодочки вряд ли отличу, сказали, что это ок, главное быть открытым к новому и уметь разговаривать/слушать/иметь общий технически-высший бэкграунд. А я то как раз был открыт так, что сквозняки ходили меж приоткрытых внутренних окон Овертона!

Дальше были собеседования. Все они были технические, немного душноватые, с большим количеством вайтборда (6 или 7 задач, но из них только одна на DP), систем дизайном и нулевым количеством вопросов про биотех. Почему так? Ответ прост -- в начале формирования инженерной команды были нанята парочка ex-Facebook ребят, которые притащили с собой state-of-the-art-лучший-в-мире процесс собеседования (/s). После я пытался немного бороться с этим процессом, но про это как-нибудь в другой раз.

В итоге, да, у меня не спросили вообще ничего про биологию. Зато на онсайте в Лондоне показали настоящую биологическую лабораторию, дали надеть халат и очки!

В итоге, для вхождение в биотех мне понадобилось:

• одно рекрутинговое агенство
• один software-focused биотех стартап
• какой-никакой скилл прохождения собеседований
• какой-никакой скилл торговли и выбивания бенефитов (подробнее)
• ноль знаний биологии
• ноль релеватного опыта в домейне

Где работать в биотехе

Выше я говорил, что слабо представлял себе, что означает слово "биотех".

Оказалось, что под словом "биотех" скрывается борхесовская классификация всего от модного стартапа с вот таким корпоративным стилем

Для ориентации в пространстве биотеха есть вот такая картинка (она, правда, про cell & gene therapy, в основном, но категории кажутся +/- универсальными):

Перечислять все я не буду, отмечу лишь, что из всего этого богатства выбора для рядового айтишника, не кончавшего биологическую консерваторию, мне кажется, есть два пути:

• Hardware/RnD отдел большого корпората: скучно-стабильно, пишешь парсеры человекочитаемых CSV, через пять лет получаешь повышение и начинаешь дизайнить человекочитаемые CSV
• Модный дерзкий digital transformation disruptive startup: от откровенного скама чтобы набрать классы и инвестиции, то вполне себе серьезных продуктов, которые меняют все к лучшему. Choose wisely!

Все остальное, все же, имеет под собой чуть больше домейн ноледжа, чем доступно у Докинза и Аси Казанцевой.

Как работать в биотехе

Для начала про то, чем все же занималась компания между "инструменты для биотеха" и "операционная система для биологических лабораторий".

Основной продукт -- что-то вроде CAD/визуального ЯП, в котором из лего-ноу-зиро-код-кубиков можно себе что-то напоминающее биологический эксперимент собрать.

Потом эти кубики превращаются в "программу", которую можно исполнить на одном или нескольких из поддерживаемых роботов (физических, настоящих, да). После исполнения результаты загружаются в систему и их можно проанализировать. Wow such science.

Как несложно понять по такому описанию, штука действительно очень техническая и довольно сложная. Добавив в котел со сложностью возможные потери (денежные и временные), если наша штука что-то куда-то неправильно перемешает, кажется, можно понять, почему нужны в первую очередь сильные инженеры, а знание биологии как-нибудь со звездочкой и в диалогах с коллегами.

Для затравки, пара примеров сложных задач, которые мы решали:

• Написать MIP алгоритм аллокации нужного количества жидкостей, минимизирующий все, что можно. Понять, что сложно-выключай, перейти на MiniZinc и constraint modeling.
• Что делать, если мы хотим N девайсов? Graph partitioning go brrr.
• А если мы хотим экспериментальный второй фронтенд, чуть менее лоу-ноу-зиро-кодный? Bytecode DSL go brrr transpilers go wrrrrrrrr.

Но, как и везде в айти, были вещи и менее поэтичные:

• Парсеры человекочитаемых CSV.
• Автоматизация оборудования с классными интеграциями в WSDL, ActiveMQ, программами как таблицами в Sqlite (я бы хотел, чтобы это было шуткой, но нет), UI в WinForms.
• Немного джейсон-протобуф-мешалок.

Кстати, ко всем трем задачам я приложил свои руки в разной степени от ревью-обсуждений до техлидства. При этом, конечно же, есть люди, которые парсят CSV и красят формочки, как и везде, YMMV. Но на мой взгляд пространство для сложных и интересных вещей в digital биотехе большое, главное, опять же, не очутится в отделе по проектированию человекочитаемых CSV или говностартапа, сосущего деньги без реального продукта.

Дополнительно скажу, что на таком уровне ответственности и сложности внезапно понимаешь, что весь этот agile булшит с выкатками по десять раз на дню, неверифицируемым ничем, кроме юнит-тестов и отсутствием какого-никакого design upfront просто не работает ни на чем серьезнее интернет-магазина. Это очень отрезвляет и заставляет немного иначе смотреть на вещи. Было несколько ситуаций, когда "сначала сделали, потом рассказали и подумали" оборачивалось не лучшим результатом.

В добавок к такой essential сложность проблемной области и продукта, биотех с горой насыпает accidental сложности. И тут начинается срыв покровов и цыганский табор.

Как устроено айти в биотехе

Если вам кажется, что эти ваши биотехи это такие снизу-доверху напичканные техникой, CADами и автоматикой концерны, то curb your enthusiasm. Ну правда, если какой-нибудь automotive смог, то почему биологи не могут? Но по тому что я видел и слышал, сложилось впечатление, что технологический прогресс до биологии как-то не дошел, а там где дошел, сделал это весьма специфично.

Итак, хот тейки (половину из которых в комментариях опровергнут более умные люди с бОльшим инсайдом, слушайте их, я мимопроходил):

• Автоматизации очень мало, для большинства еще ок руками дешевых постградов смешивать жидкости (reproducibility выходит из чата)
• Та автоматизация, что есть, идет бонусом в дорогущим роботам от больших компаний (vendor lock in входит в чат)
• Качество этой автоматизации зачастую... хромает (vse kak y lyudey входит в чат)

Несколько примеров:

• Если ваш дорогущий инструмент за много денег должен померить поглощение света жидкостью, результат он положит в человекочитаемый CSV. Как парсить такой формат? Может быть есть грамматика? Или хотя бы описание полей? А зачем, есть же глаза и руки постградов! В итоге за два года я видел штук 10 человекочитаемых CSV, естественно, с друг другом никак не совместимых (даже если форматы от одного производителя и одного инструмента). Была даже внутренняя шутка написать мышиное облучение для переваривания бесконечных человекочитаемых CSV. После такого, когда видишь простой советский XML плачешь от радости и целуешь руки авторам, говоришь тосты на их свадьбах.
• Если у вашего дорогущего инструмента за много денег есть automation API, то он будет представлен WSDL, а ивенты будет слать в ActiveMQ. Это иногда неплохо, choose boring tech, все дела, но ценность копошения в таком для твоей карьеры примерно нулевая (зато кулстори вот можно рассказывать).
• Если у вашего дорогущего инструмента за много денег нет automation API, а automation очень хочется, то земля вам пухом. Нет, правда, вы не хотите туда лезть, вас сожрет и бачок потечет. Но мы лезли и это не было pretty.
• Если у вашего дорогущего инструмента за много денег есть поддержка скриптов, то система типов скриптового языка будет описываться, например, так: the type of a variable is variable. Идеальная иллюстрация вечному вопросу "Зачем нужно CS образование" и "почему профессионал в одном обычно дурак в другом".
• ...а UI будет выглядеть так

Почему так? Я задавал этот вопрос примерно всем людям, работающим в компании и примерно такой общий ответ усвоил:

• Автоматизация не входит в планы дедов-академиков
• Полушепотом говорят, что в биологию идут не самые техническо-математически сильные люди (об этом еще Фейнман писал, кстати), их забирает себе физика, математика и CS.
• Биология это сложно-очень-очень-сложно-лучше-нельзя (но обычно оказывается, что как-нибудь все же можно, если постараться)
• И так все работает (и это действительно так)

На этом технологическом диком западе каждый день появляются по десять стартапов, пытающихся все это задизраптить и автоматизировать. Кто-то более успешно и полно, кто-то менее. Упирается все это желание в косность индустрии, дедов-академиков и постградов, которых не научили, но в целом, прогресс действительно идет. Даже большие корпораты с собственными башнями RnD-господ довольно активно интересуются происходящим, подписывают пробные контракты и вписываются в общие проекты.

Зачем работать в биотехе

Тут каждому свое, но по мне опыт работы в чем-то реальном, а не сферическом айти-в-вакууме будет полезен любому. Это может быть биотех, агротех, космос, электроника.

Придется поговорить с людьми, для которых айти может быть почти что пустым звуком (inb4 с менеджерами). Придется удивиться по-львиному от состояния автоматизации в отдельно взятой наукоемкой области, которая, кажется, должна выглядеть совсем иначе. Придется (не)понять и (не)принять причины, почему все так. Придется решить тонну сложных задач (но опять же, YMMV).

Так что дерзайте и ебашьте ручной труд, академию, индустрию, угорайте на SLAS, любите свой Liquid Handler, PhD и Биотех! Парсьте человекочитаемые CSV! ГОВОРИТЕ ОТКРЫТО И СМЕЛО ПРЯМО В ЛИЦО! БИОТЕХ! ЧЕЛОВЕКОЧИТАЕМЫЕ CSV!